Auch in Leipzig wurde der Beschluss des DDR-Fußballverbandes, Leistungszentren in den jeweiligen Bezirken einzurichten, umgesetzt. Am 20. Januar 1966 stieg aus dem SC Leipzig der 1. FC Lokomotive Leipzig empor. Als Trägerbetrieb bekam der Club die Reichsbahn zugewiesen. Noch am Anfang brachte das in Probstheida nur kurzfristigen Erfolg. Im IFC-Cup konnte Norrköping mit 4:0 deklassiert werden, wodurch sich Lok den ersten internationalen Titel überhaupt für eine Mannschaft aus der DDR sicherte. Im Winter 1966/67 warf das Team um Kapitän Karl Drößler auch noch Benfica Lissabon mit dem amtierenden WM-Torschützenkönig Eusebio aus dem Messepokal. 1969 stieg der FCL unglaublicherweise in die DDR-Liga ab. Mit den zwei Nationalspielern Henning Frenzel und Wolfram Löwe schaffte der Club in der darauf folgenden Saison am letzten Spieltag der Wiederaufstieg vor 30.000 Fans im Leipziger Plache-Stadion mit einem knappen 1:0-Sieg gegen den ärgsten Widersacher Gera. Um ein Haar wäre die sofortige Wiederkehr in das DDR-Oberhaus jedoch misslungen. Ein Unentschieden hätte dem Gegner Gera den Saisonerfolg beschert und Lok die Aberkennungen des Status als Leistungszentrum, welches dann folglich nach Leipzig-Leutzsch gegangen wäre, ein Aderlass der besten Spieler mit eingeschlossen.

Wiederaufstieg, Konsolidierung, UEFA-Cup-Halbfinale

Die darauf folgenden 20 Jahre brachten eine Konsolidierung der sportlichen Leistung des 1.FC Lok. Das Konzept der Konzentration fußballerischer Spitzenkräfte mittels Delegierungen spiegelte sich schon 1974 mit dem Erreichen des Halbfinales im UEFA-Cup wider. Gleich zwei für DDR-Mannschaften bis dahin als unschlagbar geltende Teams der Insel kegelte man aus dem Wettbewerb. Ipswich Town und die Wolverhampton Wonderers mussten sich neben Fortuna Düsseldorf und dem AC Turin geschlagen geben. Erst im Halbfinale stoppte die Lokomotive, war Tottenham Hotspur doch eine Nummer zu groß. Andererseits blieb Lok seiner spielerischen Klasse in der Oberliga des öfteren schuldig. Mittwochs im EC noch hervorragende Partien abgeliefert, angelten sich beständig eher mittelmäßige Mannschaften wie Cottbus oder Riesa den Sonnabend darauf Punkte im Vergleich mit den Blau-Gelben. Jene Eigenart der "Loksche" brachte ihr den Beinamen "Sphinx" der Oberliga ein.

Nichtsdestotrotz sprang 1976 der erste Pokaltriumph gegen den FC Vorwärts Frankfurt/Oder heraus. Fünf Jahre später wurde dann wiederum mit einem Sieg im Pokalfinale gegen Frankfurt/Oder das goldene Jahrzehnt für den Club eingeläutet. Sportlich sicherlich, neben den drei Meistertiteln als VfB Leipzig zu Beginn des 20.Jahrhunderts, die ertragreichste Zeit in der bis heute währenden Vereinshistorie. Zwei weitere Pokaltriumphe 1986 und 1987, zwei Vizemeistertitel 1986 und 1988 und mehrere Bronzeplätze in der Meisterschaft unterlegen die Jahre bis 1990. Lok war bis zur Wendezeit praktisch jedes Jahr im Europacup vertreten, und duellierte sich dort unter anderem mit dem AC Mailand oder dem FC Barcelona.

Auf dem Zenit: Die Europapokal-Saison 1987

Der Zenit ward 1987 erreicht, als nacheinander Glentoran Belfast, Rapid Wien, FC Sion und Girondins Bordeaux im damals noch existierenden Europapokal der Pokalsieger aus dem Weg geräumt wurden. Das Athener Finale gegen Ajax Amsterdam mit der Weltklasse um van Basten, Rijkaard oder Wouters bedeutete dann allerdings auch für die Leipziger Bezirksauswahl Endstation. In diesem Jahr wurde der wohl ewige Zuschauerrekord Deutschlands aufgestellt, im Halbfinale gegen die Franzosen erstürmten die Massen regelrecht das Zentralstadion und kein Strohhalm hätte mehr Platz finden können. Geschätzte 110.000 Fans verfolgten einen der letzten großen internationalen Auftritte Loks.

Im November 1988 gab der zur damaligen Zeit weltbeste Fußballer Diego Maradona mit dem SSC Neapel seine Visitenkarte vor mehr als 85.000 Zuschauern in Leipzig ab. Nach einem Unentschieden in Leipzig schieden die Blau-Gelben durch ein 0:2 am Vesuv aus. Das Ende der internationalen Karriere des 1. FC Lok. Ganz langsam zeigte sich, dass nicht nur die DDR abgewirtschaftet hatte, sondern auch die Ära der Mannschaft um Trainer Uli Thomale sich dem Ende zuneigte. Für die darauf folgenden internationalen Wettbewerbe konnte sich Lok nicht mehr qualifizieren, in der Meisterschaft fehlte die letzte Konsequenz. In der abschließenden Oberliga-Saison 1990/91 schafften der Club quasi in letzter Sekunde den Aufstieg in die 2. Bundesliga. Nachdem der reguläre siebte Tabellenplatz zum 26. Spieltag nicht erreicht wurde, musste in der Relegation der große Wurf gelingen. Trainer Böhme wurde abgelöst und für die sechs Endspiele Jürgen Sundermann verpflichtet. Ungewohnt souverän nahm Lok die Hürde und konnte am 23. Juni 1991 den viel umjubelten Aufstieg feiern. Gleichzeitig war es auch das vermeintlich letzte Spiel unter dem glorreichen Namen 1. FC Lokomotive Leipzig.